金華南站是地下雙層島式車站，地下一層為站廳層，地下二層為站臺層。金華南站主體布置在金甌路與湖楊街交叉口處，沿湖楊街南北向呈一字型布置。車站西側為現代同心閣、麻車塘、翡翠城等住宅社區，東側為金華南火車站、站前廣場、火車站地下停車場等。 車站共設5個出入口，A、B、C、D、E口，其中C口通道是國鐵換乘通道，D口通往火車站地下停車場，E口與金華南火車站出站口相連，實現軌道交通與國鐵“零距離”換乘。全站設有一個客服中心，2個安檢點（目前啟用1個），站臺中部及A出入口設有無障礙電梯，在站臺層設有公共衛生間、無障礙衛生間、母嬰室等便民服務設施。